Центр был образован в августе 2003 года в составе ГУБОП на базе специального оперативно-розыскного бюро (ОРБ), уже несколько лет действующего при ГУБОП.

Центры "Т" были созданы также во всех федеральных округах.

Первым руководителем Центра был назначен Юрий Демидов, кадровый милиционер, сын бывшего начальника Академии МВД. После реорганизации (в результате которой ГУБОП был переименован в ДБОПиТ) на должность руководителя "Центра Т" был назначен Николай Аулов — "рубоповец" из Санкт-Петербурга. Его заместитель Владимир Булатов — тоже опытный борец с оргпреступностью, ранее возглавлял оперативно-розыскное бюро в ГУБОП.