По данным следствия, обвиняемые вместе с основными акционерами "ЮКОСа" и "другими лицами" в период с 6 ноября по 12 июня 1998 года похитили 3,6 миллиарда рублей, присвоив акции дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания". В 1998-2000 годах они легализовали похищенные акции.
В 1998-2003 годах, считают следователи, обвиняемые похитили 892,4 миллиарда рублей, присвоив нефть дочерних компаний "ЮКОСа" - ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть ВНК". В 1998-2004 годах части этой суммы в размере 487,4 миллиарда рублей и 7,5 миллиарда долларов были легализованы.
Кроме того, иски к подсудимым подали "Томскнефть" на 93 миллиарда рублей и "Самаранефтегаз" на 77 миллиардов рублей.